Kurze Basenketten, wie AT, GCG, oder AACT reichen allerdings nicht aus, diese kommen sehr häufig vor und finden sich in fast allen Genen. Wir suchen also eine moeglichst kurze Basenkette, die trotzdem nur einmal im ganzen Genom vorkommt und somit auch nur einmal in dem Gen, das wir suchen. Solche Ketten haben eine Länge von mindestens 20 bis 24 Basen.